Darželį seno sodo teritorijoje 1962 m. įkūrė Lietuvos hidrotechnikos institutas savo darbuotojų vaikams. Darželis, kaip ir nauja gyvenvietė bei Lietuvos hidrotechnikos ir melioracijos institutas, plėtėsi ir 1977 m. buvo perkeltas į naujas, 280 vietų, tipines patalpas, kaip lopšelis-darželis.

 

1991 m., pertvarkytas į mokyklą-darželį.

 

1995 m. mokyklai-darželiui suteiktas vardas „Obelėlė“.

Mažėjant vaikų skaičiui mokyklose ir įgyvendinant Kėdainių rajono savivaldybės mokyklų tinklo pertvarkos 2012–2015 metų bendrąjį planą, 2013 m. reorganizuotos Kėdainių Mikalojaus Daukšos ir Kėdainių „Aušros“ sveikatinimo ir sporto pagrindinės mokyklos ir Kėdainių r. Vilainių mokykla-darželis „Obelėlė“.

 

Prie Kėdainių r. Vilainių mokyklos-darželio „Obelėlė“ nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. įsteigtas Aristavos skyrius.